Bazinele Marilor Lacuri au fost, probabil, scobite de ghețari, în timpul erei glaciare. Pe măsură ce ghețarii erau împinși în jos din nord, greutatea mișcării acestor bucăți de gheață au făcut ca văile să se adâncească și să se lărgească.
Apoi, atunci când apa s-a topit, a lăsat în urmă pături uriașe de nisip, pietriș și stâncă, acolo unde a fost marginea ghețarilor. Aceste pături au blocat izvoarele văilor.
În același timp, pe măsură ce greutatea gheții se micșora, țărmul începea să se ridice din direcția de sud-vest. Asta a făcut ca suprafața regiunii să se încline, iar apa să curgă din sud-vest către nord-est.
Pe măsură ce gheața s-a retras, toate lacurile și-au direcționat cursul către râul Sf. Lawrence și către Oceanul Atlantic.
Dar cum se mențin Marile Lacuri pline de apă dulce? Ele asimilează unele cursuri ale apelor, însă majoritatea râurilor evită bazinele Marilor Lacuri. Principala sursă de apă a lacurilor este apa din pământ, care se găsește aproape de suprafață, în toată regiunea.
Bazinele lacurilor sunt ca bazinele care coboară sub nivelul apei de suprafață și, astfel, sunt menținute de infiltrații și multe fluxuri ale izvoarelor mici. Marile Lacuri sunt, de fapt, locuri de drenaj ale iazurilor și apei de ploaie și, astfel, devin și o sursă constantă de apă dulce.
Zona în care se găsesc Marile Lacuri, dar și canalele lor, are o suprafață de 246 metri pătrați.