Până în iarna anului trecut, el a fost căsătorit cu make-up artistul Sunetra Sastry, cu care are doi copii: Benjamin, care îi seamănă leit, şi Lily, care îi calcă pe urme în domeniul actoriei. În prezent, el are o relaţie cu o actriţă de comedie, Louise Ford, în vârstă de 31 de ani.
Rowan Atkinson deţine trei proprietăţi în Marea Britanie. Una dintre ele este situată în Oundle, Northamptonshire, cea de-a doua în Ipsden, Oxfordshire, iar cea de-a treia într-o localitate din apropierea Londrei.