Patru săptămâni mai târziu, „Mary Celeste” a fost văzută la 400 de kilometri distanță, pe Gibraltar.
Căpitanul navei „Dei Gratia”, care a văzut-o, a fost surprins să observe felul în care îi erau așezate velele, care nu profitau de avantajul condițiilor oferite de vreme și pentru că ea se clătina ca și cum nimeni nu o direcționa nicăieri.
El a trimis o echipă să investigheze nava. S-a observat că nu era nimeni la bord, dar mesele erau pregătite pentru prânz sau cină și cănile de ceai erau calde, la fel ca și o parte din mâncarea neconsumată.
Cronometrul și o parte din documentele navei lipseau. Din jurnalul de bord lipseau ultimele 10 zile. Una dintre cele două bărci de salvare cu care era echipată lipsea, iar cârma nu a fost fixată înainte de a fi lăsată nesupravegheată.
S-au făcut anchete la acea vreme, dar și o groază de speculații. O teorie susține că pirații au prădat nava și au ucis echipajul, însă e ciudat că nu lipsea nimic din încărcătura sau cantitatea de bani de la bord.
S-a îmbolnăvit sau îngrijorat echipajul că încărcătura ar putea exploda? Au plecat de bunăvoie? De ce nu a supraviețuit nimeni să spună povestea sau, măcar, să lase un indiciu? Nimeni nu știe. Și e improbabil să descoperim vreodată ce s-a întâmplat, de fapt, cu „Mary Celeste”.